2.3. Klassifisering av varianter

Eksempler på internasjonalt anerkjente kriterier er retningslinjene fra American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG), European Society for Human Genetics (ESHG) og Association for Clinical Genomic Sciences (ACGS). Retningslinjene fra ACMG beskriver et objektivt system for variantbedømming basert på 5 ulike klasser. ESHG har videreutviklet systemet og foreslår en to-dimensjonal klassifisering hvor hver variant bedømmes både ut fra molekylære egenskaper og kliniske egenskaper (tar bl.a. hensyn til hva slags gen det er og penetrans).

Retningslinjene forventes å forbedres og modifiseres kontinuerlig, og laboratoriene må holde seg oppdatert om gjeldende retningslinjer. I noen tilfeller kan det være relevant å bruke genspesifikke retningslinjer for klassifisering. Disse skal også være internasjonalt anerkjente retningslinjer.

Gener bør navngis etter gjeldende nomenklatur fra HUGO Gene Nomenclature Commitee.

Sekvensvarianter og mindre delesjoner/duplikasjoner bør annoteres etter gjeldende nomenklatur fra Human Genome Variation Society (HGVS).

Kopitallsvarianter og kromosomendringer bør annoteres etter gjeldende nomenklatur beskrevet av The International System for Human Cytogenomic Nomenclature (ISCN).

Ny svarrapport skal alltid sendes hvis:

• en variant med usikker klinisk betydning (VUS) reklassifiseres til sannsynlig eller sikker sykdomsgivende
• en variant med usikker klinisk betydning (VUS) reklassifiseres til sannsynlig ikke sykdomsgivende eller ikke sykdomsgivende
• en variant er feilklassifisert som sannsynlig eller sikker sykdomsgivende og viser seg å ikke være sykdomsgivende
• en variant er feilklassifisert som ikke sykdomsgivende eller sannsynligvis ikke sykdomsgivende og viser seg å være sykdomsgivende

Hvis det er kort tid siden varianten sist ble klassifisert (kortere enn 6–12 måneder), er det ikke nødvendig å gjøre en ny klassifisering med mindre laboratoriet er kjent med ny kunnskap om varianten, for eksempel at det er oppdaget ulik klassifisering. Rutiner for reklassifisering bør spesifiseres i laboratoriets lokale retningslinjer.

Laboratoriene kan dele genetiske varianter med laboratorier i andre virksomheter samt opprette kvalitetsregistre på ulike måter og med ulike lovhjemler, se brev fra Helsedirektoratet til landets medisinsk-genetiske avdelinger datert 23.01.2020. Nedenfor er noen eksempler på tilfeller der man lovlig kan dele genetiske varianter mellom virksomheter:

• Virksomheten kan dele tolkede genetiske varianter om en pasient med en annen virksomhet dersom formålet er å få en ny vurdering av den samme pasienten. Dette kan for eksempel være å diskutere tolkning av en ny variant som er observert hos pasienten.
• Virksomheten kan dele tolkede genetiske varianter om egen pasient for å yte helsehjelp til andre pasienter etter samtykke fra den personen opplysningene gjelder.
• Dersom en genetisk variant vurderes av den dataansvarlige å kunne anses å være anonym og det er ubetydelig risiko for å identifisere pasienten direkte eller indirekte, kan informasjonen deles som anonyme opplysninger.