Alvorlige komplikasjoner ved kirurgisk behandling omfatter anastomosesvikt og sårruptur. Begge tilstander kan medføre reoperasjon, sepsis og organsvikt med behov for behandling på intensiv avdeling. Andre alvorlige komplikasjoner er pneumoni, hjertesvikt og dyp venetrombose (DVT).
De vanligste komplikasjoner etter kirurgisk behandling er brokk i operasjonssår og tarmslyng (ileus). Pasienter operert med kikkehullsteknikk har mindre hyppig slike senvirkninger. Pasienter operert for endetarmskreft må regne med funksjonelle plager i forbindelse med avføring, vannlating og/eller seksualfunksjon, spesielt hvis de også har gjennomgått strålebehandling.
De alvorligste bivirkninger av kjemoterapi er behandlingskrevende febril leukopeni, diare og påvirkning av hjertet, som kan være livstruende. Det er risiko for andre bivirkninger med kvalme, oppkast og neurotoksisitet som de viktigste. Bivirkninger av stråleterapi omfatter irritasjon av slimhinner, diare, blæreirritasjon, samt risiko for skade på tynntarm og strålereaksjon i hud. Det er også risiko for senskade som endret endetarmfunksjon (for eksempel urge og inkontinens), menopause og sterilitet for kvinner og risiko for sterilitet og impotens hos menn.