Standardbehandling ved skjoldbruskkjertelkreft er total thyroidektomi og lymfeknutedisseksjon. Ved lokalavansert sykdom kan det være indisert å fjerne deler av luftrøret, spiserøret eller andre naboorganer.
Ved tidlig stadium er ofte fjerning av kun en thyroidealapp uten fjerning av lymfeknutene tilstrekkelig.
Anaplastisk cancer er ofte ikke resektabel ved diagnosetidspunkt. Behandlingen er strålebehandling og eventuell medikamentell med palliativt mål. I noen tilfeller kan kirurgi være indisert – enten primært eller etter radio/ kjemoterapi.
Ved påvist genfeil som disponerer for arvelig MTC er det indikasjon for profylaktisk thyroidektomi i barndommen. Det henvises for øvrig til Nasjonalt handlingsprogram.